Die Ottersdorfer Kirchengemeinde war über Jahrhunderte für das ganze Ried zuständig. Ursprünglich befand sich die Kirche der Rieddörfer im elsässischen Seltz.
Nachdem diese im Jahr 1307 zerstört worden war, als der Rhein sein Flussbett verlegte und damit auch das Ried von Seltz trennte, wurde es zu beschwerlich für die Bewohner des Rieds, die Seltzer Pfarrkirche zu erreichen.
Sie wandten sich daher mit Unterstützung des Markgrafen Rudolf VI. an Papst Gregor XI. Am 9. Mai 1371 genehmigte dieser die Errichtung einer Kaplanei in Ottersdorf. Am 20. Juni desselben Jahres erfolgte die Zustimmung aus Seltz, am 14. Januar 1376 schließlich die vom Bischof in Straßburg.
Über die ersten Jahre des Bestehens ist wenig überliefert. Ab 1412 gab es Bestrebungen, Ottersdorf zur Pfarrei für die Rieddörfer zu erheben, was am 24. Juli 1413 durch den Gegenpapst Johannes XXIII. geschah. Am 2. Januar 1415 zwischen der Abtei Seltz und dem badischen Markgrafen Bernhard I. legte die Details fest, womit die Gründung endgültig beschlossen wurde. In den Jahren 1418/19 wird Johannes Hertenberg als Pfarrer erwähnt, der wahrscheinlich aus dem Elsass kam und vermutlich der erste Pfarrer der Ottersdorfer Pfarrei war.
Ottersdorf hatte über den Lauf der Jahrhunderte zwei Kirchengebäude an der heutigen Stelle. Von der früheren Kirche ist eine Beschreibung aus dem Jahr 1777 erhalten, das in lateinischer Sprache berichtet. Offenkundig waren die Innenproportionen des Gebäudes sehr ungünstig, da das Kirchenschiff breiter als lang und das Langhaus teilweise um den Kirchturm herum gebaut war. 1833 riss man es ab und baute die heutige Kirche Sankt Ägidius im romanischen Stil.
Ihr Turm hat eine Höhe von 28 Metern. Er ist mit vier Glocken ausgestattet.
Bislang wurde die Kirche zweimal restauriert. 1884 führte der Dekorationsmaler Flick aus Bühl die Arbeiten durch, im Jahr 1938 dann Josef Wagenbrenner aus Rastatt. 1978 erhielt die Kirche an der Nordseite einen Anbau nach Plänen des damaligen Pfarrers Wolfgang Storf. Heute dient er als Sakristei.
Aus ungeklärten Gründen wurde die Kirche nach dem Bau nur gesegnet, nicht geweiht. Erst 150 Jahre später, am 25. November 1984, wurde die Weihenachgeholt.
2015 wurde die Kirchturmspitze erneuert, da das Holz im alten Kirchturm stark angegriffen war. 2020 musste die Kirche gesperrt werden, da wegen Fäulnis der Dachbalken Einsturzgefahr bestand.